国家税务总局科研所课题组提出的“费改税”的基本思路是：根据对我国收费项目按性质分类，实现由费改税，应本着先清理、整顿，区分性质，而后逐步改税的原则。总的指导思想是分类进行：取消收费项目由费改税一部分；收费项目保留一部分；降低收费标准一部分；收费改为价格一部分。实行“费改税”是近两年财税体制改革的重要环节，既要扎实推进，又要处理好各方面的关系。因此，其基本设想和具体改革措施是：对于省级以下地市、县、乡等四级政府自行设立的各种收费项目应分两年全部取消，确需保留的项目，经清理后由省政府报国务院批准；行政单位的经营性收费项目应全部取消；将行政单位收取的大部分行政性规费改为税收；将事业单位收取的有偿性工本费、手续费等，实行一部分保留，一部分合并，一部分根据成本情况以不盈利或少盈利为原则降低标准；将事业单位收取的带有经营性质的收费改为价格。

具体改革意见为：1、 取消一切不合理的收费项目。既无法律、法规依据，又无正式行政文件的各种乱收费、乱摊派、乱集资，均在取消范围内。国家已经下文件明令取消的各种收费，应依照国务院规定，坚决取消。2、对现有的各种行政性收费，经过调查研究和综合分析，确实既不合法又不合理的，再列出一部分名单，应由国务院下文，明令废止。3、 应明确规定，取消地、县级以及县以下行政单位确定并收取行政性规费的权力，其项目及收费标准，一律由中央和省两级政府依照法律法规，制订具体的收费项目目录和收费标准，以及管理、监督办法。省级政府确定的收费项目必须报国务院批准。4、 对省级政府初审提出取消的基金项目，省级政府所属部门和省级以下政府或人大批准设立的基金，地方政府及其部门在国家设立的基金之外“搭车”或重复设立的基金，国家法律法规之外涉及农民负担的基金，以及1990年以后国务院下属部门自行设立的基金，原则上公布取消。